Die Junior MTB Challenge ist der Nachwuchsbereich der KTM Mountainbike Challenge und bietet Cross-Country-Rennen für Teilnehmer von fünf bis sechzehn Jahren. Bei den meisten Marathon-Events der Serie bekommen Kinder und Jugendliche eigene, passende XC-Strecken, anstatt die Erwachsenen-Marathondistanzen fahren zu müssen. Alle Teilnehmer brauchen ein stabiles, voll funktionsfähiges Rad, und Helm und Handschuhe sind Pflicht.
Die Gesamtwertung unterscheidet sich von den Marathon-Rankings: Punkte werden nach der Zeitdifferenz zum Sieger der jeweiligen Altersklasse vergeben, nicht nach der schnellsten Gesamtzeit. Die besten vier Ergebnisse eines Teilnehmers zählen, wobei mindestens drei Ergebnisse nötig sind, um in die Serienwertung zu kommen. Diese Struktur betont den Altersklassenwettbewerb und gibt jungen Fahrern mehrere Chancen, über die Saison hinweg Punkte zu sammeln.