Müggelsee-Halbmarathon kiertää Berliinin suurinta järveä, Müggelseetä, joka sijaitsee kaupungin kaakkoisosassa ja jota kutsutaan paikallisesti "kylpyammeeksi". Pääkilpailu on virallisesti mitattu puolimaraton, 21,0975 kilometriä pitkä, ja se alkaa kello 10 ja päättyy kello 13. Samana aamuna järjestetään myös 10 kilometrin ja 5 kilometrin kilpailuja niille, jotka haluavat lyhyemmän järvenrannan juoksun.
Reitti alkaa ja päättyy Müggelseeperlen läheisyydessä, ja jotkut lähteet mainitsevat Hotel Müggelsee Berlinin Müggelheimer Dammilla kilpailun pääpaikkana. Reitti seuraa pitkälti järven rantaa, ylittää historiallisen Spreetunnelin Friedrichshagenissa ja kulkee Friedrichshagenin, Rahnsdorfin, Wilhelmshagenin, Hessenwinkelin, Schönhorstin ja Spreewiesenin kautta ennen kuin kiertää Kleinen Müggelseen. Puolimaratonissa on neljä apuasemaa, ja tämä on kilpailun kahdeskymmenes kerta.