Die Junior MTB Challenge bietet XC-Rennen für Fahrer von fünf bis sechzehn Jahren an, die parallel zu den meisten Marathon-Events der KTM Mountainbike Challenge stattfinden. Die Veranstalter sehen die Junior-Serie als wichtigen Teil ihrer Jugendarbeit und gestalten die Strecken gezielt für Kinder und Jugendliche, getrennt von den Marathon-Routen der Erwachsenen. Jeder Teilnehmer braucht ein zuverlässiges, voll funktionsfähiges Rad, und Helm sowie Handschuhe sind Pflicht.
Bei den Rennen gibt es Short-Course-XC-Rennen, wobei die Kategorien innerhalb des Juniorenfeldes festgelegt werden. Die Gesamtwertung basiert nicht nur auf dem schnellsten Fahrer, sondern Punkte werden aus der Zeitdifferenz jedes Fahrers zum jeweiligen Klassensieger berechnet. Um in die Gesamtwertung zu kommen, muss man mindestens drei Rennen absolvieren, und es zählen nur die besten vier Ergebnisse. Dieses Format ermöglicht es den Kindern, an mehreren Runden teilzunehmen, ohne dass eine einzige schlechtere Leistung ihre Gesamtplatzierung in der Serie beeinflusst.