La Junior MTB Challenge propone gare cross-country per ragazzi dai cinque ai sedici anni, che si corrono in concomitanza con la maggior parte degli eventi marathon della KTM Mountainbike Challenge. Gli organizzatori la vedono come parte fondamentale del loro progetto di sviluppo giovanile, con percorsi disegnati apposta per bambini e ragazzi, ben diversi da quelli delle marathon per adulti. Serve una bici affidabile e perfettamente funzionante per ogni partecipante, e casco e guanti sono obbligatori.
La competizione prevede gare XC su percorso corto, con le categorie definite all'interno del gruppo junior. La classifica generale non si basa solo sul più veloce; i punti vengono calcolati in base al distacco di tempo di ogni atleta rispetto al vincitore della sua categoria. Per entrare nella classifica generale, un atleta deve completare almeno tre eventi, e vengono considerati solo i suoi quattro migliori risultati. Questo format permette ai ragazzi di gareggiare in più tappe senza che una singola prestazione non all'altezza comprometta la loro posizione nella classifica finale del circuito.