Le Junior MTB Challenge propose des courses de cross-country pour les jeunes de cinq à seize ans, qui se déroulent en parallèle de la plupart des épreuves marathon du KTM Mountainbike Challenge. Pour les organisateurs, cette série junior est un pilier de leur démarche de développement des jeunes talents, avec des parcours pensés spécialement pour les enfants et adolescents, bien distincts des tracés marathon pour adultes. Il faut un VTT fiable et en parfait état de fonctionnement pour chaque participant, et le port du casque et des gants est obligatoire.
Ces épreuves sont des courses de XC en format court, avec un classement par catégories d'âge chez les juniors. Le classement général ne récompense pas seulement le plus rapide ; les points sont attribués en fonction de l'écart de temps de chaque participant par rapport au premier de sa catégorie. Pour figurer au classement général, il faut avoir terminé au moins trois épreuves, et on ne prend en compte que les quatre meilleurs résultats. Avec ce format, les enfants peuvent faire plusieurs manches sans qu'une contre-performance ne vienne plomber leur classement général de la série.