A Junior MTB Challenge oferece provas de cross-country para riders de cinco a dezesseis anos, realizadas junto com a maioria dos eventos marathon da KTM Mountainbike Challenge. Para os organizadores, a série junior faz parte do trabalho de formação da molecada, com percursos pensados especificamente para crianças e adolescentes, separados das rotas marathon dos adultos. Todo participante precisa largar com uma bike confiável e em pleno funcionamento, e capacete e luvas são obrigatórios.
A disputa é em formato XC de percurso curto, com categorias definidas dentro do pelotão junior. O ranking geral não depende só de quem é mais rápido: os pontos são calculados pela diferença de tempo de cada rider em relação ao vencedor da sua categoria. Para entrar na classificação geral, o rider precisa completar pelo menos três eventos, e só os quatro melhores resultados contam. Assim, a criançada pode participar de várias etapas sem que uma prova abaixo do esperado acabe pesando demais na classificação geral da série.