Junior MTB Challenge (AT) er den unge del af KTM Mountainbike Challenge, hvor der køres cross-country for børn og unge i alderen fem til seksten år. På de fleste marathon-arrangementer i serien får børn og unge deres egne XC-stykker, så de ikke skal køre de lange distancer som de voksne. Alle deltagere skal have en stabil, funktionel cykel, og det er obligatorisk med hjelm og handsker.
Pointgivningen er anderledes end i marathon-serien: point gives ud fra tiden i forhold til vinderen i hver aldersgruppe, ikke den hurtigste samlede tid. Man tæller med sine fire bedste resultater, og der skal mindst tre resultater til for at blive med i serien. Det giver fart på konkurrencen i aldersgrupperne og giver de unge ryttere flere muligheder for at samle point i løbet af sæsonen.