Η Junior MTB Challenge είναι το τμήμα για τα παιδιά της KTM Mountainbike Challenge, με αγώνες XC για παιδιά και εφήβους από 5 έως 16 χρονών. Σε σχεδόν όλες τις διοργανώσεις της σειράς, τα παιδιά και οι έφηβοι τρέχουν σε διαδρομές XC που έχουν σχεδιαστεί για την ηλικία τους, και όχι στις μεγάλες αποστάσεις του μαραθώνιου. Όλοι οι συμμετέχοντες πρέπει να έχουν ένα σταθερό, πλήρως λειτουργικό ποδήλατο, και το κράνος και τα γάντια είναι υποχρεωτικά.
Οι βαθμολογίες δεν είναι οι ίδιες με αυτές του μαραθώνιου: οι βαθμοί δίνουν με βάση τη διαφορά χρόνου από τον νικητή κάθε ηλικιακής κατηγορίας, και όχι από τον γρηγορότερο συνολικά. Υπολογίζονται τα τέσσερα καλύτερα αποτελέσματα ενός αθλητή, με τουλάχιστον τρία αποτελέσματα για να συμπεριληφθεί στην τελική βαθμολογία. Έτσι, η σειρά δίνει έμφαση στην ανταγωνιστικότητα ανά ηλικίες και δίνει πολλές ευκαιρίες στα παιδιά να συγκεντρώσουν βαθμούς όλη τη σεζόν.