Junior MTB Challenge (AT) är den ungdomsdelen av KTM Mountainbike Challenge och går av stapeln med cross-country-tävlingar för åldrarna fem till sexton. På de flesta marathon-tävlingarna i serien får barn och tonåringar egna XC-sträckor istället för att köra de långa distansen som vuxna. Alla måste ha en stabil, fungerande cykel, och hjälm och handskar är obligatoriska.
Poängsystemet skiljer sig från marathon-serien: poäng ges utifrån tidsskillnaden till vinnaren i varje åldersklass, inte den snabbaste totala tiden. Man räknar med de fyra bästa resultaten, och minst tre resultat krävs för att komma med i serien. Så här är det uppbyggt för att fokusera på åldersgrupper och ge unga cyklister flera chanser att samla poäng under säsongen.