Junior MTB Challenge (AT) er ungdomsdelen av KTM Mountainbike Challenge, med terrengløp for deltakere fra 5 til 16 år. På de fleste maratonarrangementene i serien får barna og ungdommene egne XC-løypene, i stedet for å kjempe på de lange maratondistansene for voksne. Alle må ha en stabil og funksjonell sykkel, og hjelm og hansker er obligatorisk.
Poengsystemet skiller seg fra maratonrankingen: poeng gis basert på tidsforskjellen til vinneren i hver aldersgruppe, ikke den raskeste totale tiden. En deltakers fire beste resultater teller, og minst tre resultater trengs for å komme med i serien. Slik blir det mer fokus på aldersgrupper, og ungdommene får flere sjanser til å samle poeng gjennom sesongen.