De Junior MTB Challenge is het jeugddeel van de KTM Mountainbike Challenge, met cross-country races voor kinderen van vijf tot zestien jaar. Bij de meeste marathonwedstrijden in de serie krijgen de jongens en meisjes passende XC-parcours, in plaats van de lange marathonafstanden voor volwassenen. Iedereen moet een stevige, goed werkende fiets hebben, en een helm en handschoenen zijn verplicht.
De eindstand verschilt van de marathonklassementen: punten worden gegeven op basis van de tijdsverschillen met de winnaar per leeftijdscategorie, niet op de snelste totale tijd. Van iedereen tellen de beste vier resultaten, met minimaal drie resultaten nodig om in de eindstand te staan. Zo wordt het vooral om de leeftijdsgroep gedraaid, en kunnen jonge rijders het hele seizoen punten verzamelen.