Junior MTB Challenge je mládežnícky súčasť KTM Mountainbike Challenge a ponúka pretekárske preteky pre deti a mládež vo veku od piatich do šiestnástich rokov. Na väčšine maratónov v sérii majú deti a dospívajúci k dispozícii vhodné XC trasy, namiesto toho aby pretekali na plných maratónových vzdialenostiach pre dospelých. Každý účastník musí mať stabilné a plne funkčné bicykle, prídavné ochranné príslušenstvo ako prílba a rukavice je povinné.
Celkové poradie sa líši od maratónových rebríčkov: body sa udelia na základe rozdielu času k víťazovi v každej vekovej kategórii, nie k najrýchlejšiemu celkovému času. Do rebríčka sa započítavajú najlepšie štyri výsledky, pričom minimálne tri výsledky sú potrebné na to, aby sa účastník dostal do celkovej klasifikácie. Táto štruktúra zdôrazňuje súťaž v jednotlivých vekových kategóriách a dáva mladým pretekárom viac možností na zisk bodov počas sezóny.